DATA ENGINEER NLP

Les informations de profil figurent dans le descriptif du poste.

L'ÉTABLISSEMENT :
Le CHU de BREST, établissement support du GHT de Bretagne Occidentale, recherche un(e) Ingénieur(e) d'études hospitalier (Data Engineer) pour un CDD de 6 mois renouvelable.
Etablissement dynamique situé en bord de mer, le CHU de Brest est un acteur économique de 1er plan : 1er opérateur de santé et moteur économique de la région, l'établissement est le 1er employeur de la ville.
Le Centre Hospitalier Universitaire couvre un territoire comprenant une population de 1, 2 million d'habitants et emploie plus de 8000 personnes dont 750 médecins.
Il offre à la fois des soins de proximité et de recours.
Le CHU de BREST : Qui sommes-nous ?
https://www.brest-life.fr / https://www.toutcommenceenfinistere.com/
LE POSTE :
Suivi technique du projet PARTAGES
- Déploiement et maintien en conditions opérationnelles des composants du noeud local de la plateforme nationale d'évaluation fédérée
- Constitution et préparation des jeux de données locaux servant à l'évaluation : extraction, sélection, contrôle de conformité, documentation
- Exécution des campagnes d'évaluation des modèles fournis par le consortium sur les données réelles de l'établissement
- Production, contrôle et transmission des métriques d'évaluation au coordonnateur du projet
- Documentation du cadre réglementaire et de sécurité appliqué, traçabilité des traitements réalisés
- Interface technique avec les équipes du Health Data Hub et des autres partenaires ; participation aux points d'avancement et contribution aux rendus techniques attendus
Accompagnement du service sur l'analyse textuelle des comptes rendus médicaux
- Exploration et cartographie des bases contenant des documents textuels : volumétrie, typologies de comptes rendus, métadonnées, chaînage aux séjours et aux patients
- Conception, développement et industrialisation des chaînes de traitement (ETL) d'extraction et de préparation des corpus, orchestrées sous Dagster- Mise en qualité des données : détection des anomalies, doublons, documents tronqués ou mal rattachés ; normalisation et documentation des corpus produits
- Définition et calcul des métriques d'évaluation des traitements (qualité des corpus, performance des modèles) et restitution aux équipes métier
- Mise en oeuvre technique des cas d'usage prioritaires retenus par le service, en s'appuyant sur les ressources ouvertes produites par PARTAGES (corpus PARHAF et PARCOMED, modèles open source) :
- Génération de comptes rendus fictifs (data augmentation)
- pseudonymisation automatique des comptes rendus médicaux
- Aide au codage médical automatisé à partir des comptes rendus (DIM)
- Utilisation, spécialisation et évaluation de modèles de langage sur les corpus annotés, sur l'infrastructure de calcul dédiée
- Documentation des travaux (code, jeux de données, résultats), versionnement sous Git et transfert de compétences auprès de l'équipe
PROFIL RECHERCHÉ :
Le poste est à pourvoir rapidement au sein du Centre de Données Cliniques de l'Hôpital Morvan.
Le poste est ouvert aux profils juniors, y compris aux candidats en première expérience professionnelle.
Conditions d'emploi
CDD de 6 mois renouvelable
Temps de travail : 100 %
Poste à pourvoir rapidement
Rémunération selon l'expérience
Profil recherché
Vous êtes titulaire d'un Master 2 ou d'un diplôme d'ingénieur en informatique, science des données, intelligence artificielle ou dans un domaine équivalent.
Une première expérience, y compris académique, dans l'orchestration de flux de données ou le traitement automatique du langage constitue un atout.
Connaissances requises
Anglais scientifique
Biologie
Bureautique / Technologies de l'information et de la communication
Conduite de projet
Éthique et déontologie médicales
Informatique / Systèmes d'information
Méthodes de recherche clinique
Vocabulaire médical
RÉMUNÉRATION brut : 2500.00 / mois