Ingénieur Bioinformaticien H/F en CDD 6 mois

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DATE DE PUBLICATION 20/03/2018   TYPE DE CONTRAT Titulaire, Contractuel
RECRUTEUR CHU DE POITIERS   CATÉGORIE A
LIEUX DE TRAVAIL
Vienne
  SALAIRE
Non communiqué

Employeur

               

Poste

Le CHU de Poitiers recrute un Ingénieur Bioinformaticien H/F en CDD 6 mois avec possibilité de CDI, dès que possible à temps plein.

                                                                                    

MISSIONS DU POSTE

L’ingénieur en bioinformatique sera impliqué dans la mise en place, conception, gestion et optimisation des outils d’analyse et des chaines de traitement de données issues du séquençage nouvelle génération (NGS) pour l’implémentation du NGS en diagnostic.

ACTIVITES  PRINCIPALES

Séquençage nouvelle génération (NGS)

Mise en place des outils (logiciels et matériels) permettant l’analyse bioinformatique des données NGS. Cette partie se fait en collaboration avec les équipes référentes en bioinformatique identifiées par l’INCa, en particulier la plateforme bioinformatique de Rennes et en partenariat avec les l’ensemble des équipes du réseau NGS-Diag

Application à l’analyse informatique des données NGS (data manager) et à l’interprétation des variants moléculaires détectés par les technologies Illumina MiSeq et Nextseq et les technologies Ion-Torrent (PGM)

Développement et maintenance de toute application logicielle nécessaire à l’analyse globale NGS

Administration du système informatique dédié à l’analyse NGS en collaboration avec la direction de l’informatique du CHU de Poitiers

Liaison entre l’analyse technique NGS (techniciens de laboratoire) et l’interprétation médicale (biologistes)

Traitement des données afin de permettre l’implémentation du NGS au diagnostic

Gestion et mise en place de l’environnement bio-informatique autour de cette technologie

Veille dans le domaine du séquençage haut-débit

Profil

QUALITES ET COMPETENCES REQUISES

Qualités requises

Autonomie, disponibilité, dynamisme et curiosité scientifique

Respect du secret professionnel

Capacité à travailler avec une équipe pluridisciplinaire et avec les personnes extérieures au service et à l’établissement

Compétences nécessaires ou à acquérir

Maîtrise de la conception en base de données relationnelles (SQL, Oracle, PostGreSQL…)

Excellente maîtrise de l'environnement UNIX

Excellente maîtrise d'au moins un langage de script (Perl ou Python)

Compétences basiques en développement web (php, javascript…)

Connaissances complémentaires en informatique (réseau, serveur, sécurité…)

Compétences en méthodes de calculs statistiques

Intérêt pour la biologie (notamment en génomique)

Une bonne connaissance de l’anglais est indispensable

DIPLOMES PROFESSIONNELS ET FORMATIONS REQUIS OU SOUHAITES

Niveau BAC+5 en bioinformatique

Expérience en développement de pipelines bioinformatiques via des langages de scripts (Perl, Python, Bash)

Expérience vivement souhaitée dans le domaine du séquençage haut débit : maîtrise des suites d'outils dédiées (samtools, GATK,...) et des bases de données

INFORMATIONS COMPLEMENTAIRES

Horaires de travail, du lundi au vendredi, avec une amplitide horaire de 8h à 19h, en fonction des besoins du service.

Le poste est à pourvoir dès que possible, à temps plein, en CDD de 6 mois avec possibilité de CDI.

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