Ingénieur d'études en analyse des données NGS et reséquençage H/F

Connaissances

• Génomique, génétique humaine et biologie moléculaire.
• Technologies de séquençage à haut débit (Illumina, PacBio, Oxford Nanopore).
• Analyse de données NGS : panels, exomes, génomes, transcriptomique, single-cell.
• Environnements de calcul haute performance (HPC).
• Bonnes pratiques de développement logiciel et de reproductibilité des analyses.
• Connaissance informatique : langage de script Bash, base de données relationnelle
• Bioinformatique, outils classiques d’analyse NGS…
• Anglais scientifique et technique

Savoir-faire – Compétences opérationnelles

Bioinformatique et génomique

•  Connaissance des technologies de séquençage à haut débit (NGS) et de leurs applications.
•  Connaissance des méthodes d’analyse de données de panels, exomes, génomes, transcriptomique (RNA-seq), single-cell et long-read.
•  Connaissance des principaux outils et logiciels d’analyse génomique et transcriptomique.
•  Bonne compréhension de la génétique humaine, de la génomique et de la biologie moléculaire.
• Connaissance des formats de données biologiques (FASTQ, BAM/ CRAM, VCF, GTF, etc.) et desstandards de qualité associés.

Informatique et gestion des données

•  Maîtrise des environnements Linux/Unix.
•  Connaissance des langages de script (Bash, Python, Perl ou équivalent).
•  Connaissance des systèmes de gestion de bases de données relationnelles (MySQL, PostgreSQL ou équivalent).
•  Connaissance des outils de gestion de versions (Git) et des bonnes pratiques de développement logiciel.
•  Connaissance des infrastructures de calcul haute performance (HPC)
•  Connaissance des ordonnanceurs de tâches (Nextflow, Snakemake ..)

Savoir-être – Compétences comportementales

• Sens de l’organisation.
• Rigueur scientifique et méthodologique.
• Aptitude au travail en équipe.
• Autonomie et capacité d’initiative.
• Qualités relationnelles et pédagogiques.
• Réactivité face aux demandes urgentes

Niveau de diplôme souhaité (le cas échéant) Niveau II - Bac+3 Licence, Licence professionnelle

REJOINDRE UNIVERSITÉ PARIS CITE

Ancrée au cœur de la capitale, Université Paris Cité figure parmi les établissements français et internationaux les plus prestigieux grâce à sa recherche de très haut niveau, ses formations supérieures d’excellence, son soutien à l’innovation et sa participation active à la construction de l’espace européen de la recherche et de la formation.

Labellisée Idex depuis, Université Paris Cité s’appuie sur ses enseignants, ses chercheurs, ses enseignants-chercheurs, ses personnels administratifs et techniques, ses étudiants, pour développer des projets scientifiques à forte valeur ajoutée, et former les hommes et les femmes dont le monde de demain a besoin.

Des sciences exactes et expérimentales aux sciences humaines et sociales, en passant par la santé, Université Paris Cité a fait de l’interdisciplinarité un marqueur fort de son identité.

Elle compte aujourd’hui 64 000 étudiants, 7 500 personnels, 138 laboratoires, répartis au sein de ses trois grandes Facultés en Santé, Sciences et Société et Humanités et de l’institut de physique du globe de Paris.

Rejoindre Université Paris Cité c’est faire le choix de l’exigence et de l’engagement au service de valeurs fortes ; celles du service public, de la rigueur scientifique et intellectuelle mais aussi de la curiosité et de l’ouverture aux autres et au monde.