Ingénieur en calcul hautes performances F/H

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DATE DE PUBLICATION01/04/2021 TYPE DE CONTRATContractuel, CDD
RECRUTEURUNIVERSITE DE BORDEAUX CATÉGORIEA
LIEUX DE TRAVAIL
TALENCE
 SALAIRE
De 20 000€ à 30 000€

Employeur

L’ingénieur(e) travaillera dans le cadre du projet européen MICROCARD qui développera une solution logicielle adaptée aux futures architectures exascales et permettant la simulation des phénomènes électrophysiologiques à l’échelle cellulaire.

Pour l’échelle visée de la simulation, il faut développer une parallélisation du calcul permettant d’atteindre de hautes performances et de permettre une reprise du calcul en cas de panne.

Poste

La personne recrutée sera en charge de la parallélisation du code OpenCarp, développé au cours du projet MICROCARD.

Cette parallélisation s’appuiera sur MPI et StarPU [1] développé dans l’équipe  Inria Storm. Plus particulièrement, l’ingénieur(e) sera en charge de l’écriture du parallélisme sous forme de graphe de taches parallèles StarPU+MPI, de son optimisation et de l’évaluation des performances.

Enfin, la personne recrutée évaluera la méthode développée dans l’équipe Inria Storm pour rendre le code résistant aux pannes. Cette méthode, basée sur le graphe de tâches, est basé sur des sauvegardes locales des données échangées entre taches et permet de restaurer les taches devant éventuellement être réexécutées.

Chronologiquement, le travail sera décomposé en les étapes suivantes:

  1. Parallélisation en StarPU+MPI du code OpenCarp de simulation cardiaque. Ce travail est en collaboration avec les différents partenaires du projet, pour structurer globalement le parallélisme de l'application
  2. Optimisation et évaluation du code parallèle précédent.
  3. Evaluation de la méthode de résistance aux pannes pour les graphes de tache StarPU/MPI.

https://starpu.gitlabpages.inria.fr/ et la publication: Augonnet C, Thibault S, Namyst R, Wacrenier PA. StarPU: A Unified Platform for Task Scheduling on Heterogeneous Multicore Architectures. Concurrency and Computation: Practice and Experience, Euro-Par 2009, 2011;23:187–198.

Profil

Diplôme(s) exigé(s) et/ou niveau de qualification : Bac+5

Savoirs :

  • Savoir paralléliser un code avec MPI+OpenMP, l’optimiser et l’évaluer.
  • Des connaissances en vectorisation seront appréciées.
  • Un très bon niveau en C et C++ est demandé, ainsi qu’une bonne connaissance de la norme MPI.


Savoir-faire :

  • La maitrise d’outils de développement comme git, CMake est demandée.
  • La maitrise d’un outil d’analyse de performances parallèles (compteurs hardware, scalasca, perfctr, likwid,…) est demandée.


Savoir-être :

  • Anglais courant.
  • Capacité de rédaction.
  • Autonomie.

Le cas échéant, expériences demandées :

Une expérience en parallélisation/optimisation de code réel MPI est exigée.

Une expérience en programmation parallèle par taches est fortement souhaitée (TBB, StarPU, OpenMP, OmpSS, Cilk,..).

Informations employeur

Afficher les informations

CV et lettre de motivation à envoyer à :

[email protected] et [email protected]

Rémunération : 

A partir de 2 324,27€ brut mensuel selon la grille des agents contractuels de l'université.

Poste à pourvoir à partir du 15/05/2021.

CDD de 12 mois.

Le principal lieu de travail est le siège de Bordeaux du centre de recherche Inria Bordeaux Sud-Ouest, qui mobilise plus de 300 personnes incluant scientifiques et personnels d'appui à la recherche et à l'innovation. L'ingénieur(e) y sera en contact direct avec les chercheurs des équipes Carmen (simulation cardiaque), Storm (calcul parallèle)au sein d'Inria et de l'Institut de Mathématiques de Bordeaux. La personne sera également en contact et collaborera avec les partenaires du projet MICROCARD à Bordeaux (IHU Liryc) et ailleurs en France (Strasbourg) et en Europe.

L'ingénieur(e) travaillera dans le cadre du projet EuroHPC MICROCARD (http://microcard.eu/), qui vise à développer un logiciel de simulation cardiaque adapté aux futures supercalculateurs exaflopiques, et permettant la simulation des arythmies cardiaques à l'échelle des cellules. Les arythmies cardiaques sont une des principales causes de décès dans le monde, et souvent liées à des anomalies structurelles à cette très petite échelle. L'étude de ce type d'arythmie demandera des outils de simulation à l'échelle exaflopique. Le projet prévoit donc un important travail autour des méthodes de parallélisation, pour créer le parallélisme et pouvoir l’adapter sur des architectures hétérogènes. Les outils developpés dans le cadre de ce projet viendront renforcer la recherche clinique et expérimentale qui a lieu notamment au sein de l'IHU Liryc (Institut de rythmologie et modélisation cardiaque) et des autres partenaires dans le projet. Le projet MICROCARD comprend 10 partenaires européens avec un budget de plus de 5 millions d'euros, et une durée de 3 ans. Le projet est piloté par l'Université de Bordeaux.

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